МАОУ «Нежинский лицей Оренбургского района» действует на основании Устава.
Основными направлениями деятельности являются:
1. Образовательные услуги - обеспечение прав граждан на получение общедоступного образования при реализации общеобразовательных программ начального общего, основного общего, среднего (полного) общего образования.
2. Обеспечение хозяйственной деятельности - создание, содержание и развитие муниципального учреждения начального, основного, среднего (полного) общего образования.
3. Учреждение самостоятельно ведет финансово-хозяйственную деятельность, имеет самостоятельный баланс и лицевые счета (по учету средств субсидии на выполнение муниципального задания и целевых субсидий), обладает обособленным имуществом, которое закреплено за ним на праве оперативного управления. Собственником имущества является муниципальное образование Оренбургский район.
4. Учреждение выполняет государственное задание, а также ведет приносящую доход деятельность. Бухгалтерский учет ведется структурным подразделением – бухгалтерией, возглавляемым главным бухгалтером.
Подведомственных подразделений и филиалов у учреждения нет.